Aflat la cea de-a 40-a aniversare, Muzeul Național de Istorie a Moldovei se numără printre cele mai importante instituții muzeale din Republica Moldova, atât din punctul de vedere al patrimoniului său, cât și al prestigiului științific.
Actul de înființare a muzeului de istorie poartă data de 21 decembrie 1983, dată la care este emis ordinul Ministerului Culturii nr. 561 „Cu privire la reprofilarea muzeelor” (în baza hotărârii comune a CC al PCM și Consiliului de Miniștri al RSSM din 29 noiembrie 1983 „Cu privire la utilizarea monumentului istoric – clădirea fostului gimnaziu de băieți din Chișinău, unde a învățat S. Lazo”).
Muzeul de Stat de Istorie al RSSM era creat pe baza Muzeului Republican al Gloriei Militare, pe care l-a încorporat, și a fondului de piese cu valoare istorică deținut de Muzeul de Stat de Istorie și Studiere a Ţinutului Natal al RSSM. Amplasarea lui a rămas în clădirea istorică în curs de restaurare a fostului gimnaziu de băieți nr. 1 din Chișinău, unde se aflase Muzeul Republican al Gloriei Militare.
La 22 octombrie 1991, prin ordinul Ministerului Culturii nr. 231 „Cu privire la perfecționarea activității muzeelor republicane”, Muzeul de Stat de Istorie al RSSM își schimbă titulatura în Muzeul Național de Istorie a Moldovei.
În anul 2006, conform Hotărârii Guvernului Republicii Moldova nr. 1326 din 14 decembrie 2005 „Cu privire la măsurile de optimizare a infrastructurii sferei științei și inovării”, Muzeul Național de Istorie a Moldovei a fost reorganizat, prin absorbția Muzeului de Arheologie al Academiei de Ştiințe a Moldovei, în Muzeul Național de Arheologie și Istorie a Moldovei.
În baza Hotărârii Guvernului Republicii Moldova nr. 184 din 13 martie 2013, Muzeul Național de Arheologie și Istorie a Moldovei își schimbă titulatura în Muzeul Național de Istorie a Moldovei.